Geralmente o tratamento desta doença é feito com anti-coagulantes orais (comprimidos diários). O objetivo do tratamento é diminuir a capacidade de coagulação (“afinar o sangue”) e evitar novos episódios de tromboses. O controle deste tratamento é feito através de um exame laboratorial chamado RNI. A dose do medicamento deve ser ajustada para manter o RNI entre 2.0-3.0 na maioria dos casos (pode ser diferente para alguns pacientes). O controle frequente do uso desta medicação fazendo o RNI é muito importante, pois níveis abaixo de 2.0 podem não estar protegendo os pacientes de novos episódios de trombose. De forma oposta, níveis de RNI maiores que 3.0 podem levar a sangramentos. O acompanhamento deve ser feito ao longo de todo o tratamento, pois muitos medicamentos e até mesmo a alimentação podem aumentar ou diminuir o RNI. O fumo e o uso de medicamentos que contém estrogênio estão sempre contra-indicados, por aumentarem o risco de tromboses.